CompTox Chemicals Dashboard
 | |
|---|---|
| Περιεχόμενο | |
| Περιγραφή | Βάση δεδομένων χημικών ενώσεων που στοχεύει στις περιβαλλοντικές επιστήμες και παρέχει πρόσβαση σε περισσότερες από 875.000 χημικές ενώσεις, ιδιότητες, δεδομένα βιοδοκιμών και σχετικές πληροφορίες. |
| Επαφή | |
| Ερευνητικό κέντρο | Environmental Protection Agency (EPA) |
| Εργαστήριο |
|
| Πρώτη αναφορά | Το CompTox Chemistry Dashboard: Ένας κοινοτικός πόρος δεδομένων για την περιβαλλοντική χημεία.[1] |
| Πρόσβαση | |
| Ιστοσελίδα | comptox.epa.gov/dashboard |
| URL λήψης | comptox.epa.gov/dashboard/downloads |
| Εργαλεία | |
| Διάφορα | |
| Άδεια | Public Domain |
| Συχνότητα έκδοσης δεδομένων | Κάθε 6 μήνες |
| Πολιτική επιμέλειας | Χειροκίνητη |
Το CompTox Chemicals Dashboard είναι μια δωρεάν διαδικτυακή βάση δεδομένων που δημιουργήθηκε και διατηρείται από την United States Environmental Protection Agency (EPA). Η βάση δεδομένων παρέχει πρόσβαση σε πολλούς τύπους δεδομένων, όπως φυσικοχημικές ιδιότητες, περιβαλλοντική τύχη και μεταφορά, έκθεση, χρήση, τοξικότητα in vivo και βιοδοκιμασία in vitro . Το EPA και άλλοι επιστήμονες χρησιμοποιούν τα δεδομένα και τα μοντέλα που περιέχονται στον πίνακα εργαλείων για να βοηθήσουν στον εντοπισμό χημικών ουσιών που απαιτούν περαιτέρω δοκιμές και στη μείωση της χρήσης ζώων σε χημικές δοκιμές. Ο πίνακας εργαλείων χρησιμοποιείται επίσης για την παροχή δημόσιας πρόσβασης σε πληροφορίες από Σχέδια Δράσης του EPA, π.χ. γύρω από υπερφθοριωμένες αλκυλιωμένες ουσίες.[2][3] Η πρώτη έκδοση κυκλοφόρησε το 2016, αρχικά με τίτλο Chemistry Dashboard.[4] Η τελευταία έκδοση της βάσης δεδομένων (έκδοση 3.0.5) περιέχει χειροκίνητα επιμελημένα δεδομένα για περισσότερες από 875.000 χημικές ουσίες και ενσωματώνει τα πιο πρόσφατα δεδομένα που δημιουργούνται από το πρόγραμμα ελέγχου υψηλής απόδοσης Toxicity Forecaster (ToxCast) της EPA.[5] Το Chemicals Dashboard ενσωματώνει δεδομένα από πολλές προηγούμενες βάσεις δεδομένων EPA σε ένα πακέτο συμπεριλαμβανομένου του ToxCast Dashboard,[6] τον πίνακα ελέγχου του προγράμματος ελέγχου ενδοκρινικών διαταραχών (Endocrine Disruption Screening Program, EDSP). [7] και τη Βάση Δεδομένων Χημικών και Προϊόντων (Chemical and Products Database, CPDat).[8]
Πεδίο εφαρμογής και πρόσβαση[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
Η βάση δεδομένων CompTox Chemicals Dashboard περιέχει υψηλής ποιότητας χημικές δομές και πληροφορίες που έχουν επιμεληθεί εκτενώς και έχει ελεγχθεί η ποιότητα, οι οποίες μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως πηγή για αναλυτικούς επιστήμονες που ασχολούνται με την αναγνώριση δομών.[9]
Τα δεδομένα χημικού κινδύνου στον πίνακα εργαλείων προέρχονται τόσο από παραδοσιακές εργαστηριακές μελέτες σε ζώα όσο και από διαλογή υψηλής απόδοσης. Τα βιολογικά δεδομένα από τον έλεγχο υψηλής απόδοσης δημιουργούνται από το πρόγραμμα ToxCast του EPA,[5] ToxCast στη βάση δεδομένων παρέχουν πληροφορίες σχετικά με τις δοκιμασίες που χρησιμοποιούνται και την ισχύ και την αποτελεσματικότητά της απόκρισής τους. Αυτά τα δεδομένα βρίσκονται στην καρτέλα βιοδραστηριότητα.
Το Chemicals Dashboard μπορεί να προσπελαστεί μέσω μιας διεπαφής ιστού ή σύνολα δεδομένων σε αυτήν μπορούν να ληφθούν για χρήση εκτός σύνδεσης. Η καρτέλα Λίστες μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την περιήγηση και λήψη ομάδων σχετικών χημικών ουσιών με βάση τη συνάφειά τους με ένα συγκεκριμένο ερευνητικό θέμα (όπως πρόσθετα στα τσιγάρα ή [https: //comptox.epa.gov/dashboard/chemical_lists/DNTEFFECTS χημικές ουσίες που καταδεικνύουν επιδράσεις στα νευροαναπτυξιακά αποτελέσματα]), ή τα συγκεκριμένα τελικά σημεία ανάλυσης από τα οποία καλύπτονται. Εντός του διαδικτυακού πίνακα εργαλείων, οι αναζητήσεις μπορούν να πραγματοποιηθούν κατά κατηγορίες προϊόντων/χρήσης, ανάλυσης/γονιδίου, συστηματικού ονόματος, συνωνύμου, αριθμού CAS, Αναγνωριστικού ουσίας DSSTox, ή InChiKey. Στην καρτέλα Σύνθετη αναζήτηση μπορούν να αναζητηθούν χημικές ουσίες με βάση τη μάζα τους ή τον μοριακό τύπο. Μπορούν επίσης να πραγματοποιηθούν αναζητήσεις για ομάδες χημικών ουσιών με βάση τη χημική ονομασία CASRN, InChIKey, DSSTox ID ουσίας, DSSTox ID ένωσης, τον σκελετό InChIKey, τον τύπο MS-Ready, τον ακριβή τύπο, ή μονοϊσοτοπική μάζα χρησιμοποιώντας τη λειτουργία αναζήτησης παρτίδας.
Άλλες λειτουργίες[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
Ένα αυτοματοποιημένο εργαλείο ανάγνωσης που ονομάζεται Generalized Read-Across (GenRA) είναι ενσωματωμένο στο Chemicals Dashboard. Το GenRA έχει σχεδιαστεί για να διατηρεί το ενδιαφέρον των ειδικών εγγενές στη μέθοδο ανάγνωσης, αλλά αυτοματοποιεί τη διαδικασία επιλογής χημικών ουσιών για να βοηθήσει στην πρόβλεψη της τοξικότητας.[10]
Ο πίνακας εργαλείων (Dashboard) έχει επίσης τη δυνατότητα αναζήτησης σε υπάρχουσες πηγές επιστημονικής βιβλιογραφίας, όπως το PubMed, μέσω μιας διαδικτυακής έκδοσης του "Abstract Sifter",[11] Google Scholar και αναφορές από τις Προσωρινές Τιμές Τοξικότητας που έχουν αξιολογηθεί από ομοτίμους της EPA (PPRTV) και το ολοκληρωμένο σύστημα πληροφοριών κινδύνου EPA ([https: //www.epa.gov/iris IRIS]). Η πρόβλεψη ποσοτικής σχέσης δομής-δραστικότητας (Quantitative structure–activity relationship, QSAR) σε πραγματικό χρόνο για πολλές φυσικοχημικές ιδιότητες και τελικά σημεία τοξικότητας είναι διαθέσιμη μέσω της καρτέλα προβλέψεων.
Υποστήριξη φασματομετρίας μάζας[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
Ο πίνακας εργαλείων παρέχει υποστήριξη για φασματομετρία μάζας που παρέχει αναζητήσεις σε σχέση με τα χημικά δεδομένα που περιέχονται στη βάση δεδομένων με βάση τη μάζα και τον μοριακό τύπο. Ο πίνακας εργαλείων έχει εφαρμοστεί σε μη στοχευμένες αναλύσεις που αναζητούν "γνωστούς αγνώστους".[12] Υποστηρίζονται τόσο η στοχευμένη φασματομετρία μάζας όσο και η μη στοχευμένη φασματομετρία μάζας. Οι αναζητήσεις χρησιμοποιούν μια αναζήτηση που βασίζεται σε μορφές "MS-Ready" χημικών ενώσεων. Μεμονωμένες χημικές ουσίες συμπτύσσονται σε μια μορφή που θα ανιχνευόταν με φασματομετρία μάζας, έτσι ώστε τα άλατα να αφαλατώνονται και να εξουδετερώνονται και οι χημικές ουσίες πολλαπλών συστατικών να διαχωρίζονται στα επιμέρους συστατικά τους.[13]
Παραπομπές[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
- ↑ Williams, Antony J. (2017-11-18). «The CompTox Chemistry Dashboard: a community data resource for environmental chemistry». Journal of Cheminformatics 9 (1): 61. doi:. PMID 29185060.
- ↑ Keyt, Bryan; Lee, Thomas; Poplawski, Steven (27 March 2019). «EPA Announces Per- and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS) Action Plan: Overview and Next Steps» (στα αγγλικά). JD Supra. https://www.jdsupra.com/legalnews/epa-announces-per-and-polyfluoroalkyl-32623/. Ανακτήθηκε στις 21 April 2019.
- ↑ Patlewicz, G (Jan 2019). «A Chemical Category-Based Prioritization Approach for Selecting 75 Per- and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS) for Tiered Toxicity and Toxicokinetic Testing». Environmental Health Perspectives 127 (1): 014501. doi:. PMID 30632786.
- ↑ Williams, Antony J.; Grulke, Christopher M.; Edwards, Jeff; McEachran, Andrew D.; Mansouri, Kamel; Baker, Nancy C.; Patlewicz, Grace; Shah, Imran και άλλοι. (2017-11-28). «The CompTox Chemistry Dashboard: a community data resource for environmental chemistry». Journal of Cheminformatics 9 (1): 61. doi:. ISSN 1758-2946. PMID 29185060.
- ↑ 5,0 5,1 US EPA, ORD (21 Αυγούστου 2015). «Toxicity Forecasting». US EPA (στα Αγγλικά). Ανακτήθηκε στις 22 Απριλίου 2019.
- ↑ US EPA, ORD (1 Νοεμβρίου 2017). «Exploring ToxCast Data». US EPA (στα Αγγλικά). Ανακτήθηκε στις 22 Απριλίου 2019.
- ↑ US EPA, OCSPP (14 Αυγούστου 2015). «Endocrine Disruptor Screening Program (EDSP) in the 21st Century». US EPA (στα Αγγλικά). Ανακτήθηκε στις 22 Απριλίου 2019.
- ↑ US EPA, ORD (4 Αυγούστου 2016). «Chemical and Products Database (CPDat)». US EPA (στα Αγγλικά). Ανακτήθηκε στις 22 Απριλίου 2019.
- ↑ US EPA, ORD (30 Απριλίου 2018). «Structure Identification Using the EPA's CompTox Chemistry Dashboard». US EPA (στα Αγγλικά). Ανακτήθηκε στις 23 Απριλίου 2019.
- ↑ US EPA, ORD (25 Σεπτεμβρίου 2018). «New GenRA Module in EPA's CompTox Dashboard Will Help Predict Potential Chemical Toxicity». US EPA (στα Αγγλικά). Ανακτήθηκε στις 23 Απριλίου 2019.
- ↑ Baker, N (Dec 2017). «Abstract Sifter: a comprehensive front-end system to PubMed». F1000Research 6: 2164. doi:. PMID 29479422.
- ↑ McEachran, AD; Sobus JR C; Williams AJ (Dec 2016). «Identifying known unknowns using the US EPA's CompTox Chemistry Dashboard». Analytical and Bioanalytical Chemistry 409 (7): 1729–1735. doi:. PMID 27987027.
- ↑ McEachran, AD (Aug 2018). «"MS-Ready" structures for non-targeted high-resolution mass spectrometry screening studies». Journal of Cheminformatics 10 (1): 45. doi:. PMID 30167882.