Ο Άγιος Ιωάννης είναι παραθαλάσσιος οικισμός στο νοτιοανατολικό τμήμα του νομού Ηρακλείου, μεταξύ των όρμων του Κερατόκαμπου στα ανατολικά και Τσούτσουρου στα δυτικά. Βρίσκεται ακριβώς πάνω στις εκβολές του μικρού ποταμού Αναποδ(ι)άρη, κοντά στους νότιους πρόποδες της κορυφής «Χόνδρος» (735 μ.) και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 40. Απέχει 76 χλμ. περίπου ΝΑ. του Ηρακλείου.[4][5][6][7]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1991 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Χόνδρου. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Χόνδρου και προσαρτήθηκε στον δήμο Βιάννου.[3]